Até ao final do século XX, esta obra executada em 1541 por Garcia Fernandes foi interpretada como representando o Casamento de D. Manuel I com D. Leonor, ocorrido em 1518, após a morte da segunda esposa do monarca, a Infanta D. Maria de Castela. Contudo, em 1998, Joaquim de Oliveira Caetano apresentou uma nova leitura da obra, interpretando-a como uma representação do Casamento de Santo Aleixo.

De fato, não é plausível que se mandasse executar uma pintura representando o casamento de D. Manuel com D. Leonor, vinte e três anos após a sua ocorrência. À data da execução desta pintura, D. Manuel falecera, D. Leonor estava casada em segundas núpcias com Francisco I de França, e o rei de Portugal era D. João III, a quem D. Leonor estivera prometida antes de casar com D. Manuel. Por outro lado, tendo em conta as diretivas tridentinas, é de estranhar a colocação de uma obra de temática profana num espaço sagrado público. Acresce o facto de o presumível D. Manuel não apresentar a insígnia do Tosão de Ouro que recebera pelo casamento com D. Leonor.

A existência de uma Confraria de Santo Aleixo na Igreja da Misericórdia encontra-se documentada, embora não conheçamos a data de instituição desta Confraria. Contudo, sabemos que em 1538 foi anexada à Misericórdia, por vontade régia, uma confraria de caridade. Assumindo o pressuposto, que a confraria anexada à Misericórdia em 1538 foi a Confraria de Santo Aleixo, faria todo o sentido a execução, em 1541, de uma pintura dedicada a Santo Aleixo, para colocar na Igreja da Misericórdia.

Em primeiro plano e, ao centro da composição, o pintor representou Santo Aleixo, a sua noiva e o sacerdote que celebra o casamento. As figuras que assistem à cerimónia distribuem-se de forma equilibrada em torno do casal, separadas por sexos.

Esta pintura apresenta uma certa graciosidade, que lhe é conferida pela idealização dos rostos, em particular dos rostos femininos, sinuosidades dos corpos e tratamento expressivo dos panejamentos das vestes.