Estando resolvida a questão estrutural do imóvel, incluindo as coberturas, verificou-se que a igreja se apresenta em mau estado ao nível da conservação dos retábulos e teto. Defende a recuperação do Património Integrado, em retábulos, pintura de cavalete, teto e pedrarias, devolvendo a grandeza e a qualidade que os séculos XVI, XVII e XVIII lhe imprimiram. O espaço tornar-se-á útil à Comunidade: para além do culto, será possível integrar mais espaços num percurso de visita a uma região tão importante do ponto de vista cultural e turístico, uma vez que o tempo degradou mas não adulterou os elementos originais deste património. A Igreja da Misericórdia de Alenquer destaca-se pela dimensão e simplicidade exterior em contraste com o projeto e acabamentos interiores da maior qualidade.